蛋白质组定性分析
Qualitative analysis of proteomics

 

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实例分析

对覆膜出水的蛋白质组学前瞻性分析以发现覆膜硬化的分子标志

基本信息
材料:覆膜出水样本                                                   主要技术:iTRAQ,2DE
期刊: Kidney Int                                                    影响因子:8.395

 

文章摘要
覆膜硬化症(EPS)是腹膜透析(PD)的并发症之一,致命性高。但是由于准确诊断工具的不足,造成EPS的诊断延误。出于此,课题组收集前瞻性样本,希望通过蛋白质组学技术,检测覆膜出水的蛋白表达情况,找到有效的biomarker用于预测和诊断EPS。同时运用组合肽配体库降低样本中高丰度蛋白的干扰,来检测更多的低丰度蛋白。对膜功能稳定的病人,在透析过程中随时间增长,纤维蛋白原G链蛋白和硫酸乙酰肝素蛋白聚糖的含量增加;覆膜硬化患者的纤维原α1(I)、γ-肌动蛋白、补体因子B、补体因子I在明确诊断的5年前都有上升的迹象;血清类粘蛋白-1和a2-HS-糖蛋白B链在明确诊断的1年前表达上升;同时载脂蛋白A-IV,α1-抗胰蛋白酶表达却下降;与刚开始腹膜透析的病人相比,内凝集素-1、皮肤粘蛋白、凝溶胶蛋白和视黄醇结合蛋白-4表达上调。腹膜出水的前瞻性分析具有揭示炎症和促纤维化损伤的功能,同时也可以进一步用于EPS的诊断/预后标志物。

 

方法流程

综合分析

 

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文章对EPS做前瞻性分析寻找Biomarker,为了提高准确性。采用两种组学技术:先用2DE/MS技术建立以时间轴为梯度的蛋白分析,因为2DE/MS的分辨率较低,又运用一组样本进行iTRAQ实验,提高了差异蛋白的检出效率,又能够结合前面的分析,增强说服性;为避免因高丰度蛋白造成的干扰,采用proteome mining去除高丰度蛋白,同时对去高丰度前后做比较。对于样本选择采用每个时间点5个样本混样,避免个体差异的干扰。这些设计提高了biomarker的准确性,为后续的科学研究提供了可靠的新数据。

 

文献来源
Vasileios Z. et al., A prospective, proteomics study identified potential biomarkers of encapsulating peritoneal sclerosis in peritoneal effluent. 2017, Kidney Int.