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客户文章 | 8篇文章,平均IF:10.1 带您看尽蛋白质组学研究方法
编者按:

 

 俗话说“业精于勤而荒于嬉,行成于思而毁于随”。对于科研者来说,一个成功地研究一定是经历了反复的实验,其中肯定是付出许多艰辛和努力的。可是科研光是勤劳如果没有好的方法可是会走很多弯路的...

 

继上期小鹿盘点了蛋白组学的热门方法【大热点】3篇文章总计IF:66分,带您get时下热点技术后。本期小鹿帮助各位科研老师总结了蛋白质组学常用技术ITRAQ蛋白质组学、TMT蛋白质组学、PRM技术、LC-MS/MS...8篇文章,平均IF:10.6带您看尽蛋白质组学研究方法。

 

1

长链非编码RNA-LINC00673中的一个胰腺癌风险变异为miR-1231构建了结合位点使得PTPN11降解受到干扰

 

在胰腺癌的研究中,全基因组关联研究已经确定了几个与胰腺癌风险相关的基因位点,然而遗传因素影响散发性胰腺癌发展的机制仍然很大程度上未知。本篇文章由鹿明生物合作客户北京协和医院肿瘤研究所林东昕教授研究组发表在《Nature genetics》(IF:31.616)的题为“Pancreatic cancer risk variant in LINC00673 creates a miR-1231 binding site and interferes with PTPN11 degradation”的研究论文,该研究揭示了LINC00673在维持细胞稳态中的重要作用以及其变异如何赋予胰腺癌易感性。本文中用蛋白质组学技术发现了与LINC00673相互作用的蛋白PTPN11,从而阐明了LINC00673的功能机理。

 

材料:细胞系、小鼠、人胰腺组织、血

 

发表期刊:Nature genetics

 

影响因子:31.616(发表时期影响因子)

 

主要技术:GWAS、qRT–PCR、immunoprecipitation、LC-MS/MS(鹿明生物提供服务支持)

 

 

2

解析潮间带大型绿藻光系统I-捕光天线I复合物结构

 

PSI 是一个极高效率的光能吸收和转化系统,几乎每一个吸收的光子都能产生一个电子,其量子转化效率超过90%。PSI 高效吸能、传能和转能的结构基础是科学研究的前沿问题。2019年3月8日,济南大学、中科院植物所与清华大学合作在Nature Plants发表了题为 Structure of a green algal photosystem I in complex with a large number of light-harvesting complex I subunits 的研究长文,(其中:质谱测序由上海鹿明生物科技有限公司协助完成。报道了一种潮间带大型绿藻(假根羽藻,Bryopsis Corticulans)PSI-LHCI 超分子复合物的3.49Å 分辨率的冷冻电镜结构,这是继高等植物之后,在 PSI 结构与功能研究领域取得的又一重大突破。

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本文进一步完善了对光合生物进化过程中 PSI 结构变化趋势的理解;从进化与光环境适应的角度揭示了捕光天线复合物的捕光设计机理;为揭示绿藻光合膜蛋白 PSI-LHCI 高效吸能与传能的机理奠定了坚实的结构基础;为人工模拟光合作用机理,为指导设计作物与提高植物的光能利用效率提供了新的理论依据和新思路。

 

3

运用IncRNA、iTRAQ研究诱导自噬抑制葡萄膜黑色素瘤的发生机理

 

葡萄膜恶性黑色素瘤是成年人中最多见的一种恶性眼内肿瘤,在国外其发病率占眼内肿瘤的首位,在国内则仅次于视网膜母细胞瘤,居眼内肿瘤的第二位。此瘤的恶性程度高,眼后是好发部位。易经血流转移,85%转移至肝脏。本篇由欧易/鹿明生物合作客户上海交通大学医学院范先群教授课题组发表在《Autophagy》的”ZNNT1 long noncoding RNA induces autophagy to inhibit tumorigenesis of uveal melanoma by regulating key autophagy gene expression“运用lncRNA 芯片、iTRAQ 蛋白质定量技术探究lncRNA 在 UM 肿瘤发生中的作用报道。

发表期刊:Autophagy

 

影响因子:11.059

 

运用技术:文章中iTRAQ 蛋白质定量技术由鹿明生物提供服务

 

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本研究表明,在葡萄膜黑色素瘤中,lncRNA ZNNT1 起到了抑癌基因作用。ZNNT1 可以通过上调 ATG12 表达,调控 ATG12-ATG5 结合,促进细胞自噬,进而抑制了肿瘤的发生。本研究通过运用lncRNA 芯片、iTRAQ 蛋白质定量技术为葡萄膜黑色素瘤的临床治疗提供了新的思路。

 

4

LncRNA SNHG10通过正反馈环调节其同源物SCARNA13促进肝癌发生和转移的研究

 

肝细胞癌(HCC)是最常见的恶性肿瘤之一,全球发病率位居第六,死亡率位居第三。极易复发和转移导致了肝癌患者的高死亡率,因此针对肝细胞癌的发生和转移机制的研究迫在眉睫。本文为鹿明生物客户--四川大学肝胆外科研究室的科研者们于2019年5月发布在Cancer Res的研究文章:LncRNA SNHG10通过正反馈环调节其同源物SCARNA13促进肝癌发生和转移的研究,为肝细胞癌的发生和转移机制又进行了深入的研究。

 

发表期刊:Cancer Res

 

影响因子:8.378

 

主要运用鹿明生物技术:TMT标记定量、RNA测序((RNA-seq)、qPCR

 

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5

在模拟生理环境中通过蛋白冠装饰的超顺磁性纳米粒子靶向电荷介导的癌细胞

 

纳米技术在癌症诊断和治疗中以及生物医学功效各方面起着关键作用,本文由鹿明生物合作单位同济大学、青岛大学等多家科研院校共同合作发表在《ACS APPLIED MATERIALS & INTERFACES 》上的Electrical-Charge-Mediated Cancer Cell Targeting via Protein Corona-Decorated Superparamagnetic Nanoparticles in a Simulated Physiological Environment ,通过在模拟生理液体中对粒子表面蛋白冠对癌细胞靶向的影响进行了研究,为临床灵敏检测血液循环肿瘤细胞开辟了新途径,其中蛋白质组学技术在鉴定蛋白冠成分时发挥了重要作用,该技术已在各个研究领域中得到广泛应用。本文研究为临床灵敏检测血液循环肿瘤细胞开辟了新途径,其中蛋白质组学技术在鉴定蛋白冠成分时发挥了重要作用,该技术已在各个研究领域中得到广泛应用。

 

发表期刊:ACS APPLIED MATERIALS & INTERFACES  

 

影响因子:8.456    

 

鹿明生物提供服务:LC-MSMS(MPI技术)

 

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6

运用LC-MS/MS鉴定GRP78是鸭Tembusu病毒感染BHK-21细胞的受体研究

Tembusu病毒(TMUV)是一大群具有包膜的单正链RNA病毒。该类病毒通过吸血的节肢动物(蚊、蜱、白蛉等)传播而引起感染。在我国,Tembusu病毒(TMUV)的爆发和传播给中国水禽养殖业带来了巨大损失。本篇文章由鹿明生物合作客户江苏省农业科学院兽医研究所赵冬敏博士为第一作者,发表在Frontiers in Microbiology杂志发表题为“Identification of Glucose-Regulated Protein 78 (GRP78) as a Receptor in BHK-21 Cells for Duck Tembusu Virus Infection”的研究论文,该研究报道了BHK-21细胞中TMUV结合分子的探究。

 

发表期刊:Frontiers in Microbiology

 

影响因子:4.259

 

运用鹿明生物技术:LC-MS/MS

 

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7

垂丝海棠应对盐碱胁迫适应性的生理、蛋白质组学和代谢组学的整合分析

 

由于土壤盐碱化逐年增加造成可耕作面积逐年减少,使盐碱等非生物胁迫已成为严重影响我国粮食生产的重要因素。同时针对抗盐碱功能机理的研究也是选育耐盐碱新品种的关键。在2019年,欧易/鹿明生物合作客户甘肃农业大学王延秀课题组在Horticulture Research杂志发表题为“垂丝海棠应对盐碱胁迫适应性的生理、蛋白质组学和代谢组学的整合分析”的文章。该文章作者通过蛋白质组学、代谢组学以及生理学数据,对可耐受盐碱的垂丝海棠中参与植物胁迫反应的植物途径及其调控机制进行深入研究,为使用基因工程提高该植物的耐盐碱性提供了重要依据。

 

发表期刊:Horticulture Research

 

影响因子:3.64

 

运用技术:蛋白质组学、代谢组学

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8

定量蛋白质组学鉴定鸡脾脏中细胞外基质降解与基因型VII新城疫病毒的免疫病理相关

 

新城疫(newcastle disease,ND)是由新城疫病毒引起禽的一种急性、热性、败血性和高度接触性传染病。以高热、呼吸困难、下痢、神经紊乱、黏膜和浆膜出血为特征。具有很高的发病率和病死率,是危害养禽业的一种主要传染病。OIE将其列为A类疫病。本篇由上海鹿明生物科技有限公司合作客户扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室刘秀梵院士课题组发表在《Journal of Proteomics》的文章“Quantitative proteomics identify an association between extracellular matrix degradation and immunopathology of genotype VII Newcastle disease virus in the spleen in chickens”运用TMT定量蛋白质组学技术首次提供了NDV对ECM调节的证据,并将ECM重塑作为NDV病理的新表现形式,加深了对NDV发病机制的了解。

 

发表期刊:Journal of Proteomics

 

影响因子:3.537

 

运用技术:、qRT-PCR、Western blot、ELISA、TMT蛋白质组学(鹿明生物提供技术支持)

 

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目前,蛋白质组学研究以其高通量、高灵敏度、高效的蛋白质分离鉴定方法在医学、农学、微生物等方面都有着广泛地应用,并且蛋白质组学研究也为寻找各种疾病的关键蛋白和标志蛋白、对于疾病的诊断、病理的研究和药物的筛选都具有重要的意义。鹿明生物以其多年的蛋白组学研究经验也在蛋白质组学道路上不断地探索~~

鹿明生物

上海鹿明生物科技有限公司,一直专注于生命科学和生命技术领域,是国内早期开展以蛋白组和代谢组为基础的多层组学整合实验与分析的团队。经过近数年的发展沉淀,公司建立起了iTRAQ/TMT、DIA、PRM、修饰蛋白组等蛋白组学技术平台和全谱代谢组、靶向代谢组、拟靶向代谢组、脂质组等代谢组学技术平台以及相应的数据整合分析平台,并建立了科学完整的服务流程和精细规范的操作标准。

公司拥有:

SCIEX-QTRAP-6500,

SCIEX-QTRAP-6500 plus,

SCIEX-QTRAP-4000,

Waters Xevo G2-XS,

Thermo-TSQ-Altis,

Thermo-Obritrap-QE,

Thermo-Obritrap-QE-HF,

Aglient-GCMS-7890B/5977A,

AglientGCMS7890B/5977A(带顶空进样装置)

及云计算分析平台等大型检测设备以及完整的样品前处理系统和数据分析系统(拥有各类分析软件及数据库)。

公司荣获国家高新技术企业,通过ISO9001认证,获得代谢组学专利及软件著作等近20余项知识产权专利;同时也取得上海市公共技术服务平台资质认证,获得上海市创新创业计划大赛支持。

迄今为止,鹿明完成服务项目上万个,涉及医学、农业、生态学及工业应用等多个研究领域,发表SCI论文数百篇。

 

2017年6月,公司与上海欧易生物医学科技有限公司实现战略整合,实现中心法则上中下游多层组学的串联,整合后的鹿明力求打造优质技术平台,争做优质蛋白代谢服务企业,助力生命科学领域的科学家快出成果,出好成果,从而推动科技创新。
鹿明生物,多层组学定制服务专家,为您的科研助力!

END