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生信干货 | LC-MS代谢组学QI软件下机数据代谢物筛选和归一化如何做?

上海·2019第一届多层组学前言技术发展华东区客户研讨会倒计时1天

 

LC-MS非靶向代谢组学数据下机啦~~

拿到一堆数据怎么办?

不会高端代码,也不会自己写脚本,我怎么处理数据?

本期小编带来了LC-MS非靶向代谢组学下机数据处理实用干货,包括:下机定性结果表格的解析、代谢物筛选如何做?以及定量数据如何做归一化?实用干货,赶紧来抢~~

 

话不多说,赶紧来学习吧~~

 

非靶向LC-MS代谢组学的分析流程

LC-MS非靶向代谢组学的原始下机数据得到的质谱图,将原始数据表达量导入QI软件获得定性定量结果,针对定性结果来做QC样本质控评判仪器的稳定性。

 

图 | 非靶向LC-MS代谢组学分析流程

 

 

定性结果表格解析

 

QI软件定性后的结果为CSV格式,其中LC-MS下机是有正负离子两套数据.

定性结果:是将物质峰在相应的库中定性匹配。定性出现的结果有:ID、分子式、质荷比、代谢物名称等;

定量结果:表示每个物质峰在每个样本中的表达量;

 

 

 

代谢物筛选如何做?

由于定性的过程中每个物质峰代表的是多个代谢物,通过评分筛选代谢物,分数越高认定代谢物准确性越高,最终将筛选出来的的代谢物生成数据分析的矩阵;以下是代谢物筛选步骤:

Score筛选降序

 

删除重复项

 

Compound去重

 

代谢产物去重

 

Description去重

 

Score30分以下删除

 

 

定量数据的内标归一化

 

质荷比排序

 

查找内标物

 

保留时间排序

 

内标归一化计算

 

本章节小编重点介绍了LC-MS非靶向代谢组学在数据预处理阶段(在无脚本和代码的情况下),我们通过表格进行代谢物筛选和定量数据归一化的实操步骤。本步骤希望帮助无数据处理经验的老师,能在LC-MS非靶向代谢组学数据下机后面对几万条的数据不会变得束手无措。通过快捷、易操作的方式能完成初步的数据筛选。

 

 

代谢组学研究现状

代谢组学是应用现代分析方法对某一生物或细胞在一特定生理时期内所有低相对分子质量代谢产物同时进行定性和定量分析的一门新科学。代谢组学以组群指标分析为基础,以高通量检测和数据处理为手段,以信息建模与系统整合为目标的方式,力求探究分子水平的代谢模式变化与各种生命现象关系。广泛应用毒理学研究、新药筛选、药物临床前安全性评价、疾病诊断、植物细胞代谢组学研究,中药现代化研究中的应用等。

 

目前,代谢组学已经广泛地运用在植物、动物、微生物方向。同时,上海鹿明生物科技有限公司,一直专注于生命科学和生命技术领域,是国内早期开展以蛋白组和代谢组为基础的多层组学整合实验与分析的团队。经过近数年的发展沉淀,公司建立起了全谱代谢组、靶向代谢组、拟靶向代谢组、脂质组等代谢组学技术平台以及相应的数据整合分析平台,并建立了科学完整的服务流程和精细规范的操作标准。

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