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【大热点】3篇文章总计IF:66分,带您get时下热点技术

编者按:

 

 在新一年的开端,小鹿首先要祝愿所有的科研工作者新年快乐,愿在这一年中心想事成,科研文章都上榜SCI~~

 

本期,小鹿推出时下热点技术DIA技术,通过热门技术与前沿科技相结合,用3篇影响因子总计66分的文章告诉您DIA技术的应用。

 

1

DIA技术用于永久定量数字保存

对科研研究者来说,科研样本对研究起着决定性的因素。微量样本、独特样本、珍贵样本、甚至有些样本是难以获取的,针对这些样本可能由于研究时间局限性,样本收集不全面,样本失效等损失会带来课题延期、重制样、甚至错失发文先机。本篇由苏黎世联邦理工学院Ruedi Aebersold教授团队在Nature Medicine杂志(IF=30.641)发表题为“Rapid mass spectrometric conversion of tissue biopsy samples into permanent quantitative digital proteome maps”的研究论文,该研究提出了一个方法,可以快速稳定地将组织样本转化为一份数据文档,永久地存贮这个样本经质谱分析得到的蛋白质组结果。

 

影响因子:30.641

材料:组织活检样品 

发表期刊:Nat.Med.

主要技术:PCT-SWATH/DIA

中文标题:将组织活检样品快速质谱转换为永久定量数字蛋白质组图谱

 

 

(点击图片即可查看原文)

这篇文章中,作者用PCT-DIA技术方法将来自9个肾癌病人的18个组织切片分别转化为(DIA)SWATH-MS多肽离子碎片谱图,并从这些谱图中对2000个蛋白样本进行定性和定量分析。作者发现肾组织切片的蛋白质组测序结果具有很好的可重复性,而且能完全将肾癌病人和健康人,以及不同组织形态的肾癌亚型区分开来。该方法特别适合大队列(几十上百甚至上千个样品)、少量样品(比如组织活检样品)蛋白组批量分析。

 

2

DIA技术在定量准确性和重现性上的优势

严格说来:人体各系统器官的疾病都可以在血液当中有一定的呈现,通过测定血液中的蛋白可反映病人的生理病理状态。因此,运用质谱技术来测定蛋白定量的准确性和重现性成了研究的焦点。本文发表在《Theranostics》上由国家蛋白质科学中心的于晓波教授、广东省中医院卢传坚教授、西湖大学郭天南研究员等合作发表的In-depth serum proteomics reveals biomarkers of psoriasis severity and response to traditional Chinese medicin,详细的总结了运用DIA技术对血液标志物进行探索,进一步的验证DIA 技术在定量的准确性和重现性的优势;

 

 

 

材料:血清

影响因子:8.063    

发表期刊:Theranostics 

主要运用技术:DIA技术、抗体微阵列

中文标题:血清蛋白质组学鉴定银屑病及其中药疗效的生物标志物

英文标题:In-depth serum proteomics reveals biomarkers of psoriasis severity and response to traditional Chinese medicin

 

(点击图片即可查看原文)

本文通过DIA技术和抗体微阵列技术,以银屑病为疾病模型,对银屑病治疗前、银屑病中药(银屑灵)治疗后、健康对照共50例血清样本建立蛋白质表达谱。鉴定到了106种参与血液凝固、炎症、细胞凋亡和血管生成等银屑病相关生物过程的差异蛋白。聚类和主成分分析发现58种蛋白可区分健康组和银屑病患者,12种蛋白可预测中药治疗效果,相关性分析发现三个血清蛋白(PI3,CCL22,IL-12B)与银屑病面积和严重程度指数(psoriasis area and severity index, PASI)评分呈正相关。质谱DIA技术适合大规模临床样本的检测,抗体微阵列技术可补充质谱无法鉴定到的血清低丰度蛋白,本文结合DIA技术和抗体微阵列技术研究血液生物标志物的思路值得借鉴。

 

3

DIA技术与人工智能相结合

2019年11月,英国剑桥大学生物化学系和米尔纳治疗学研究所(Department of Biochemistry and The Milner Therapeutics Institute, University of Cambridge)等多家机构在一区期刊Nature Methods(IF=28.467)发表题为“DIA-NN:通过神经网络和干扰校正实现高通量蛋白质组的深度覆盖”的文章,该文章作者提出了一种方便的集成软件包DIA-NN,它利用深层神经网络和新的量化及信号校正策略来处理DIA蛋白质组学的实验结果。DIA-NN提高了传统DIA蛋白质组定性和定量的能力,特别在高通量应用方面具有快捷的优势,与快速色谱方法结合使用时能够对蛋白质实现准确的深度覆盖。

 

 

影响因子:28.467

发表期刊:Nature Methods

运用技术:DIA蛋白质组学 

中文标题:DIA-NN:通过神经网络和干扰校正实现高通量蛋白质组的深度覆盖

软件版本:DIA-NN(1.6.0)、OpenSWATH18、Spectronaut、Specter、Skyline

平台:QExactiveTM HF(Thermo Fisher Scientific ™ )、TripleTOF ® 6600 (SCIEX)

材料:酵母蛋白提取物、人脐带血血浆、酶解的人K562细胞裂解物、Hela细胞蛋白提取物、大肠杆菌蛋白提取物

 

(点击图片即可查看原文)

在DIA-NN中引入的计算方法稳定且显著地增加了不同复杂度样品及不同质谱平台上获得定性和准确定量的肽和蛋白质的数量。DIA-NN首次通过使用短色谱梯度实现了蛋白质组的全面覆盖,从而显著缩短了质谱仪的运行时间,为以前无法实现的对高通量蛋白质组进行快速而精确的测量打开了大门。

 

鹿明生物自2017年初建立了DIA、PRM等蛋白组学技术平台,是国内早期开展DIA/PRM技术服务的领跑者;近2余年来,鹿明生物积累了丰富的DIA、PRM蛋白组学等组学项目经验,公司采用高端精密的仪器设备Thermo QE-HF等,迄今为止,鹿明生物已处理DIA+PRM项目样品3000+例,拥有丰富完善的项目经验;目前鹿明生物也已经自主研发了大容量水稻DIA数据库及深度水稻磷酸化DIA数据库、PCT-DIA技术等希望能够为您的科研助力添彩;目前鹿明生物也推出蛋白组学检测+验证一体化--1+1>2的蛋白组学黄金组合服务:DIA +PRM技术,具体可扫码添加技术交流群哦~~

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鹿明生物

上海鹿明生物科技有限公司,一直专注于生命科学和生命技术领域,是国内早期开展以蛋白组和代谢组为基础的多层组学整合实验与分析的团队。经过近数年的发展沉淀,公司建立起了iTRAQ/TMT、DIA、PRM、修饰蛋白组等蛋白组学技术平台和全谱代谢组、靶向代谢组、拟靶向代谢组、脂质组等代谢组学技术平台以及相应的数据整合分析平台,并建立了科学完整的服务流程和精细规范的操作标准。

公司拥有:

SCIEX-QTRAP-6500,

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Waters Xevo G2-XS,

Thermo-TSQ-Altis,

Thermo-Obritrap-QE,

Thermo-Obritrap-QE-HF,

Aglient-GCMS-7890B/5977A,

AglientGCMS7890B/5977A(带顶空进样装置)

及云计算分析平台等大型检测设备以及完整的样品前处理系统和数据分析系统(拥有各类分析软件及数据库)。

公司荣获国家高新技术企业,通过ISO9001认证,获得代谢组学专利及软件著作等近20余项知识产权专利;同时也取得上海市公共技术服务平台资质认证,获得上海市创新创业计划大赛支持。

迄今为止,鹿明完成服务项目上万个,涉及医学、农业、生态学及工业应用等多个研究领域,发表SCI论文数百篇。

 

2017年6月,公司与上海欧易生物医学科技有限公司实现战略整合,实现中心法则上中下游多层组学的串联,整合后的鹿明力求打造优质技术平台,争做优质蛋白代谢服务企业,助力生命科学领域的科学家快出成果,出好成果,从而推动科技创新。
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