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【1+1层层递进】蛋白质组学水稻DIA与水稻磷酸化DIA的碰撞

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播出时间:今日【1+1层层递进】蛋白质组学水稻DIA与水稻磷酸化DIA的碰撞

近期,随着鹿明生物的技术、仪器设备的不断升级,热点技术将持续升温。鹿明生物通过不断加强自身的技术水平,为广大科研老师提供更好更精准的服务而不断努力。本期跟随小鹿的脚步了解一下鹿明“新宠”水稻DIA技术与磷酸化DIA技术。

 

关键词:水稻DIA、水稻磷酸化DIA、磷酸化DIA蛋白组数据库

 

 

1+1层层递进

水稻磷酸化DIA

 

热点追踪

 

蛋白磷酸化是调节和控制蛋白质活力和功能的最基本、最普遍,也是最重要的机制。蛋白质磷酸化的分析和磷酸化位点的鉴定已成为蛋白质翻译后修饰研究的热点;

 

技术原理

 

数据非依赖采集(Data-Independent Acquisition, DIA)是当前最热门的质谱采集技术之一。它将质量范围分为若干窗口,依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片,相比传统蛋白质组学定量方法具有更好的选择性和更高的准确度。

TiO2富集法是磷酸化蛋白质富集比较常用的方法。通过磷酸化肽富集完成后,进行质谱检测,可实现对磷酸化蛋白质大规模定性定量分析。

本次鹿明“新宠”——磷酸化DIA数据库不仅高效运用TiO2富集策略,同时结合DIA全谱定量优势,有效解决了翻译后磷酸化修饰定性定量的难题。因此,磷酸化DIA分析是磷酸化修饰样本定性定量的最佳选择。

 

实验原理

 

(点击查看大图)

 

技术优势

结果展示

01

分布图

02

motif分析

03

功能富集分析

 

针对磷酸化DIA技术的应用早在2015年就有科学家通过此项技术进行医学类的深入研究,通过拜读本篇文章我们可以更全面的了解磷酸化DIA的实用案例,为各位科研老师课题文章带来更好的选择和方法。本篇由悉尼大学医学院David E. James发表在《Science Signaling》IF:6.481的“Targeted phosphoproteomics of insulin signaling using data-independent acquisition mass spectrometry”文章运用DIA质谱法测定胰岛素信号途径的靶向磷酸化蛋白质组学,为蛋白质组学的更深入研究提供技术指导和方向。

 

通过本篇文章可以看出磷酸化DIA蛋白质组学技术在国外的应用是比较深入的,在国内如果能更好的使用和利用好技术本身的优势,将对我们的科研文章是进一步的突破。鹿明生物建立磷酸化DIA技术平台,助力各位科研老师突破瓶颈,能够更快更精准的助力老师的科研文章。

 

下面让我们一起来了解本篇磷酸化DIA技术的深度解读文章吧~~

基本信息

英文标题:Targeted phosphoproteomics of insulin signaling using data-independent acquisition mass spectrometry

中文标题:DIA质谱法测定胰岛素信号途径的靶向磷酸蛋白质组学

材料:3T3-L1细胞

发表期刊:Science Signaling

影响因子:6.481

主要技术:磷酸化DIA蛋白组学

 

文章摘要

信号生物学的一个主要目标是建立高通量定量方法,以测量包括时间、剂量或患者样本在内的多个变量的不同样本中整个蛋白质磷酸化信号传导途径的变化。DIA方法可以实现这一目标该方法包括独立于前端信息采集的MS扫描,然后对已知肽进行有针对性的搜索。我们应用DIA方法系统地量化胰岛素信号网络中对胰岛素的响应、以及暴露于激酶抑制剂组处理的关键下游因子的磷酸化水平。我们使用稳定同位素标样或非标记量化准确地定量了胰岛素对胰岛素信号网络中86个蛋白质靶点磷酸化的作用,并定位了这个信号网络中的信号传递。通过将暴露于抑制剂的细胞中的激酶与特定的磷酸化事件(基于线性一致模型和时间磷酸化模式)匹配到的定量磷酸蛋白质组数据,我们以靶向的方式分析了AKT和mTOR的预测激酶-底物关系。此外,我们应用这一方法证明,AKT2依赖性的GAB2磷酸化促进胰岛素信号传导,但抑制依赖14-3-3结合的表皮生长因子(EGF)信号传导。由于DIA-MS可以提高多个样品中肽检测的通量和可重复性,这种方法应该更适合不同实验条件下对信号网络进行准确、全面和定量的评估。

 

 

方法流程

1.用SIS-DIA方法对关键信号节点激酶抑制处理的的AKT底物磷酸化对胰岛素响应的靶向量化

2.利用LFQ-DIA方法,应用关键信号节点激酶抑制处理,靶向量化AKT和mTOR底物磷酸化对胰岛素的响应。 

3.AKT2依赖的GAB2中211位Ser和388位Thr磷酸化增强胰岛素信号传递,抑制EGF信号传递。

小鹿推荐

DIA磷酸化蛋白组分析相对比传统的质谱方法有着很大的优势,是当前最热门的质谱采集技术之一,采用二级碎片离子进行蛋白质相对/绝对定量,将整个质谱全扫描范围分为若干个窗口,高速、循环地对每个窗口中所有离子进行选择、碎裂、检测,无差异、无遗漏地获得样本中所有离子的全部碎片信息,计算离子的强度,使磷酸化位点的定位更加准确,因此磷酸化DIA分析是磷酸化修饰样本定性定量的最佳选择。

众所周知,目前蛋白组学检测技术发展迅速,DIA作为蛋白组学新一代技术以及Nature Methods 关注技术,也越来越受蛋白组学研究科研者的青睐。 

   

上海鹿明生物科技有限公司,一直专注于生命科学和生命技术领域,是国内早期开展以蛋白组和代谢组为基础的多层组学整合实验与分析的团队

 

鹿明生物自2017年初建立了DIA、PRM等蛋白组学技术平台,是国内早期开展DIA/PRM技术服务的领跑者;近2余年来,鹿明生物积累了丰富的DIA、PRM蛋白组学等组学项目经验,公司采用高端精密的仪器设备Thermo QE-HF等,迄今为止,鹿明生物已处理DIA+PRM项目样品3000+例,拥有丰富完善的项目经验;目前鹿明生物也已经自主研发了大容量水稻DIA数据库及深度水稻磷酸化DIA数据库,希望能够为您的科研助力添彩;目前鹿明生物也推出蛋白组学检测+验证一体化--1+1>2的蛋白组学黄金组合服务:DIA +PRM技术

 

 

文献来源

Parker BL, Yang G, Humphrey SJ, Chaudhuri R, Ma X, Peterman S, James DE. Targeted phosphoproteomics of insulin signaling using data-independent acquisition mass spectrometry. Sci Signal. 2015 Jun 9;8(380):rs6. doi:10.1126/scisignal.aaa3139. PubMed PMID: 26060331.

 

END