10x单细胞ATAC测序

 

 

10x单细胞ATAC测序

 

基于10× Genomics平台,通过快速高效的单细胞标记、测序和分析,

一次性获得成千上万个单细胞染色质谱,获得单细胞水平的染色质开放区域信息

高分辨率研究染色质开放程度与DNA结合蛋白调控基因的表达网络。

这一技术可广泛应用于癌症,免疫,干细胞,胚胎分化发育,神经分化发育等表观修饰研究,为疾病或遗传发育等研究提供了新的思路。

 

图片关键词

 

 

 
 
技术优势
 
(1)通量大:8通道微流体系统,每个通道一次性可捕获500-10,000个单细胞核;
(2)捕获效率高:细胞核捕获率超过65%;
(3)超低污染:线粒体序列比例小于2%(GM12878细胞系测试数据);
(4)信息量大:获得所有染色质开放区域,不局限于某个转录因子位点或蛋白保护区域;
(5)适用范围广:可以处理细胞系、原代细胞、新鲜样品和冻存样品等;
(6)结果展示方便:官方Loupe Cell Browser提供便捷的可视化操作;
(7)低成本:每个细胞成本远低于传统单细胞ATAC测序。
 
 
 
 
技术路线
 
 
(1)细胞核分离:参照10×标准流程制备细胞核;
(2)转座酶处理:利用转座酶孵育细胞核,形成片段化DNA;
(3)细胞核标记:利用10ד双十字”微流体系统形成单细胞核的GEM(Gel bead in Emulsion),每一个GEM中10× Barcodes序列是相同且特异的(Barcodes被密集连接在Gel bead上,通过Barcodes序列区分不同细胞核);
(4)文库构建:凝胶珠溶解,细胞核破裂,片段化DNA同10× Barcodes序列连接,进行文库构建和测序,获得每一个细胞的染色体开放区域序列信息。
 
 
 
 
样本要求
 
(1)样品浓度:5.0×106 / mL以上;
(2)细胞活性:活细胞数在65 %以上; 
(3)细胞大小:小于40μm;
(4)细胞培养基及缓冲液不能含有Ca 2+、Mg 2+和EDTA等影响酶活性的物质;
(5)建议过40μm细胞筛以除去杂质和细胞团块,细胞成团率<5%。
 
 
点击咨询