组学干货

条条大路通罗马,订制你自己的专属venn图!

维恩图(Venn diagram),或译Venn图、文氏图、温氏图、范氏图,是用以表示集合(或类)的一种图。

 

大家对这种图应该不陌生,他们长这样:

图片关键词

 

或是这样:

图片关键词

 

以及,这~~样~~~~

图片关键词

 

在数据可视化图片中,venn图可以算得上是百花齐放各有特色了。

那么如何绘制这样”花里胡哨”的venn图呢?

今天,小鹿就给大家带来venn图的千条道路,条条大路通罗马,必有一款适合你!  

首先是方便使用的在线绘图工具~~

 

1.Venn Diagram Generator
 

该工具只能画2-4个集合的venn图,使用方便,但图形缺乏美观度。

 

网址:

http://www.pangloss.com/seidel/Protocols/venn.cgi
 

图片关键词

 

图片关键词

 

图片关键词

 

2.Venny 2.1
 

该工具最多能画4个集合,优点:相较于上一个增加了图形颜色线条字体类型的可选项,可以查看集合包含的元素情况,是比较推荐的简单方便的venn图绘制工具。

 

网址:

https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
 

图片关键词

 

3.BioVenn
 

该工具支持直接传输文件,可以自定区域颜色和大小,但是只能最多画3个集合的图。比较适合集合较少的情况下使用~~
 

图片关键词

 

4.Calculate and draw custom Venn diagrams
 

该工具可以直接传输文件,同时提供最多30个集合的,但是5个集合以上无法形成venn图,只能提供数据列表。

 

地址:

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
 

图片关键词

 

图片关键词

 

5.Jvenn
 

可以绘制最多6个组的venn图,颜色字体及字体大小,图例的显示等等参数,同时提供点击数字查看集合内容的功能,是非常方便的一个在线venn图作图工具,墙裂推荐!

 

地址:

http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

图片关键词

 

6.欧易/鹿明生物云平台
 

可以绘制5个组的venn图,及5个组以上的upset图,提供批量文件传输和作图功能,,可以下载结果查看交集并集等信息,右侧有详细的使用方法,是最好用的venn图绘制工具!

 

地址:

https://cloud.oebiotech.cn/task/venn-array/

图片关键词

 

图片关键词

 

在线的venn图绘制工具已经可以满足绝大多数人的需求,但我们做科研的就是要有一股努力进取,不断学习的精神劲头,所以接下来是更深入的R语言venn图实战环节!

给所有走到这一步还想继续下去的小伙伴们鼓掌!

 

R语言VennDiagram包是最常用的画Venn图的包,这个包支持1-5个集合的Venn图的绘制。

小鹿将以5个组的韦恩图为例,给大家展示VennDiagram包的基础用法。

 

1.安装VennDiagram包并加载

 

install.packages("VennDiagram")

library(VennDiagram)

 

2.数据准备
 

我们准备一个5个集合的data数据

 

图片关键词

 

3.初步代码撰写

 

venn.diagram(x=list(DESeq = data$DESeq,

                    FQ = data$FQ,

                    RPKM=data$RPKM,

                    TC=data$TC,

                    TMM=data$TMM),

             filename = "Venntest2.tif"),

 

选定画图的数据x,使用x=list()选择集合及集合名,然后选择导出的图片名称。

图片关键词

 

 

 

4.修整
 

我们可以看到,图片是没有颜色的,边缘的字体越出了边框,图片没有标题等等的一些问题,需要我们进一步修整,接下来就是美化的环节了。

 

我们首先给图片首先设置一个大小和分辨率:

resolution = 300,

height = 4000,

width = 4000,

 

然后给图片填充颜色:

fill=c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3")

 

设置图片标题,标题字体和大小和集合的字体大小位置。

main="Venn",

main.cex = 2,

main.fontface = 2,

cat.cex = 1.5,

cat.fontface=2,

sub.just =c(0.5, 1)

 

优化后的代码是:

venn.diagram(x=list(DESeq = data$DESeq,

                    FQ = data$FQ,

                    RPKM=data$RPKM,

                    TC=data$TC,

                    TMM=data$TMM),

             resolution = 300,

             height = 4000,

             width = 4000,

             fill=c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3"),

             filename = "Venntest2.tif",

             main="Venn",

             main.cex = 2, main.fontface = 2,

             cat.cex = 1.5,cat.fontface=2,

             sub.just =c(0.5, 1))

 

最终成图是这样的:

图片关键词

 

欢迎大家踏入VennDiagram包作图和优化的大门,作图和美化的过程中,还需要大家不断尝试才能得到符合自己心仪的图片哦!

如果大家对更多内容感兴趣,可以翻阅VennDiagram包的说明,根据说明深入研究探索哦!

 

VennDiagram包说明: https://rdrr.io/cran/VennDiagram/man/venn.diagram.html

 

更多生信分析技巧:
 

生信分析—文献管理神器如何快速从主流数据库中获取人/小鼠数据?

生信分析—数据库获取:如何快速从主流数据库中获取人/小鼠数据?

生信分析—可视化处理工具你可以更美一些:SnapGene Viewer软件序列可视化操作

云平台:奥利给~~代谢通路富集分析原来还可以这么做?

云平台:震惊!他花了3分钟就完成了我三个周的工作!

云平台:欧易/鹿明云 | 免费的聚类热图不试试吗?

生信分析:这个R包不太冷系列——GOplot(功能富集绘图)

生信分析:10行代码让你的相关性图貌美如花

生信分析:对话百年名画--文章绘图配色高级又简单!

生信分析:只需3分钟Get“代谢通路分析神器”

生信分析:玩转生信—火山图中“亿点细节”,你会打造吗?

生信分析:【指南】Cytoscape之stringAPP蛋白互作分析详解

生信分析:【教程】组学研究,用python快速实现PCA分析和绘图

生信分析:组学研究,R语言实用技巧—热图,运用pheatmap包简单易懂快速汇图方法来袭~

生信分析:【情人节】R语言—小提琴图的浪漫邂逅

END

​文章来源于鹿明生物

上一篇:秋天的第一杯奶茶很甜,但解锁高分文章的技能更香下一篇:项目文章 | 精准靶向代谢组学助力首都师范大学证明拟南芥种子萌发机制