产品动态

欧易/鹿明生物云平台:点点鼠标,轻松完成RDA/CCA分析

编者按:

 

常规做RDA、CCA分析一般使用CANOCO软件或者R语言的Vegan包去做分析,前者太贵,后者复杂,肿么办?
 

欧易/鹿明云平台小工具:

 

别担心,云平台小工具来帮您轻松完成分析。

RDA或者CCA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,属于限制性排序,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。

RDA基于线性模型,CCA则是基于单峰模型。此分析是主要用来反映菌群与环境因子之间关系,可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。

RDA或CCA模型的选择原则:先用Species Table数据做DCA分析,看分析结果中Axis Lengths of gradient的轴的大小,如果大于4.0,就应该选CCA,如果3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可,如果小于3.0,RDA的结果要好于CCA。

云平台RDA/CCA小工具网址:https://cloud.oebiotech.cn/task/cca_rda_env/

 

图片关键词

一.数据准备

 

需要的数据有物种的丰度数据、环境因子数据和分组信息数据,数据格式介绍如下:
 

1.物种相对丰度文件

 

物种相对丰度文件(tab分割文件)为必填参数。第一行为样本分析名,第一列为物种名,数值为物种在样本中的相对丰度。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。

 

图片关键词


2.环境因子数据文件

 

环境因子数据文件(tab分割文件)为选填参数。第一行为样本分析名,第一列为环境因子信息名。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。

 

图片关键词


3.样本分组信息文件

 

样本分组信息文件(tab分割文件)为选填参数。第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称(请注意表头Group大小写问题)。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。

 

图片关键词

注:

1.输入的环境因子个数必须大于等于2,并且小于样本个数。

2.物种样本名称、环境因子样本名字和分组信息中样本名一定要保证一致。


二、小工具网页操作说明

 

图片关键词


 

点击提交稍等一下下后出结果哦,可以下载png与pdf格式图片~

 

图片关键词

 

 

就是这么简单,再也不用担心做不出RDA/CCA图啦!!


 

图片关键词

猜你想看
 

生信分析—文献管理神器如何快速从主流数据库中获取人/小鼠数据?

生信分析—数据库获取:如何快速从主流数据库中获取人/小鼠数据?

生信分析—可视化处理工具你可以更美一些:SnapGene Viewer软件序列可视化操作

云平台:奥利给~~代谢通路富集分析原来还可以这么做?

云平台:震惊!他花了3分钟就完成了我三个周的工作!

云平台:欧易/鹿明云 | 免费的聚类热图不试试吗?

生信分析:这个R包不太冷系列——GOplot(功能富集绘图)

生信分析:10行代码让你的相关性图貌美如花

生信分析:对话百年名画--文章绘图配色高级又简单!

生信分析:只需3分钟Get“代谢通路分析神器”

生信分析:玩转生信—火山图中“亿点细节”,你会打造吗?

生信分析:【指南】Cytoscape之stringAPP蛋白互作分析详解

生信分析:【教程】组学研究,用python快速实现PCA分析和绘图

生信分析:组学研究,R语言实用技巧—热图,运用pheatmap包简单易懂快速汇图方法来袭~

生信分析:【情人节】R语言—小提琴图的浪漫邂逅

 

END
文章来源于鹿明生物

上一篇:恭喜 | 10月,鹿明生物蛋白/代谢方向13家合作课题组老师顺利发文 下一篇:项目文章 | LC-MS非靶向代谢组学助力山东中医药大学探究半夏白术天麻汤有效治疗肥胖相关性高血压的机制