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6篇16S rRNA基因测序+代谢组学联合项目文章助力您快速发文

编者按:

16S rRNA基因测序是目前主要的高通量测序依赖的肠道微生物研究的方法之一,16S rRNA基因测序测序可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,可以回答“样本当中有哪些微生物,他们具有哪些功能”。然而蛋白质组学和代谢组学等下游组学研究可以回答“这些功能是否真的发生了,发生的程度是什么样的”。因此,16S rRNA基因测序与代谢组等多组学联用可在一定程度上克服上述单一组学研究的局限性,在肠道微生物与健康疾病关系研究等方面取得众多进展,显示良好应用前景。
 

本篇小鹿总结了16S+代谢组学的研究热点方向,希望这6篇16S+代谢组学文章可以更好的助力您的科学研究。
 

1.移植喂食了褐藻寡糖的小鼠粪菌便可改善精子质量和精子形成

 

英文标题:Improvement in sperm quality and spermatogenesis following faecal microbiota transplantation from alginate oligosaccharide dosed mice

研究材料:小鼠粪便

影响因子:19.819

发表期刊:GUT

主要运用欧易/鹿明生物技术:LC-MS非靶向代谢组(由鹿明生物提供技术支持)、16S rRNA基因测序、转录组
 

最近在《Gut》和其它杂志上发表的12篇文章表明,肠道微生物群影响生育能力。应用粪便微生物群移植(FMT)手段改善生育能力是一个新兴的研究领域。本篇由中国农业科学院联合鹿明生物合作客户青岛农业大学等实验团队在Gut发表 “Improvement in sperm quality and spermatogenesis following faecal microbiota transplantation from alginate oligosaccharide dosed mice”的文章,文章运用LC-MS非靶向代谢组、16S rRNA基因测序、转录组等多种检测手段发现了肠道微生物群与挽救精子形成和精子质量联系起来的机制。首次说明,肠道微生物群可以通过改善精子形成来治疗男性不育。

 

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2.藻酸盐寡糖化小鼠的微生物群成功减轻了小肠粘膜炎

 

英文标题:Microbiota from alginate oligosaccharidedosed mice successfully mitigated small intestinal mucositis

研究对象:小鼠

影响因子:11.607

发表期刊:Microbiome

运用欧易/鹿明生物技术:LC-MS非靶向代谢组学(由鹿明生物提供技术支持)、转录组、16S rRNA基因测序等;
 

2020年8月欧易/鹿明生物合作客户中国农业科学院及青岛农业大学等实验团队在Microbiome发表的题为 “Microbiota from alginate oligosaccharidedosed mice successfully mitigated small intestinal mucositis ”的研究成果,通过LC-MS非靶向代谢组、16S rRNA基因测序、转录组等多种检测手段发现了海藻酸钠寡糖(AOS)通过增强细胞连接、恢复小肠功能以及改善可能有助于基因表达的转录因子来改善busulfan干扰的肠细胞膜;AOS改善血液代谢,以支持小肠功能的恢复。

 

 

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3.EphB6基因缺陷小鼠的肠道菌群通过介导维生素B6动态平衡调节自闭症样行为

 

英文标题:The gut microbiota regulates autism-like behavior by mediating vitamin B6 homeostasis in EphB6-deficient mice

研究材料:小鼠粪便、脑组织

影响因子:11.607

发表期刊:Microbiome

主要运用欧易/鹿明生物技术:16S rRNA基因测序(欧易生物提供技术服务),LC-MS非靶标代谢组(鹿明生物提供技术服务)
 

2020年8月欧易/鹿明生物合作客户孙逸仙纪念医院李建明团队Microbiome(IF:11.607)发表了题为 “The gut microbiota regulates autism-like behavior by mediating vitamin B6 homeostasis in EphB6-deficient mice”的文章,通过16S rRNA基因测序和LC-MS非靶向代谢组学联合分析等手段,揭示了肠脑微生物群轴对自闭症谱系障碍(ASD)的发展有重大影响,深入而透彻地阐明了肠道菌群影响小鼠脑功能缺陷的新机制。
 

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4.植物根际微生物对开花时间影响的研究

 

英文标题:Rhizosphere microorganisms can influence the timing of plant flowering

研究材料:野生型和突变型拟南芥根系分泌物、根际土壤

影响因子:11.607

发表期刊:Microbiome

运用欧易/鹿明生物技术: GC-MS非靶标代谢组(鹿明生物提供技术支持)、16S rRNA基因测序
 

候变化改变了植物物候学。这对生物圈和地球系统具有重要的生物、物理和化学影响。这些物候变化已成为生态学和环境科学的一个重要课题。本篇为鹿明生物合作客户浙江工业大学环境学院陆涛博士团队在一区期刊Microbiome发表的 “Rhizosphere microorganisms can influence the timing of plant flowering”的文章,通过整合GC-MS非靶标代谢组学和转录组测序、16S rRNA基因测序数据,发现根际微生物群对植物关键功能的调控发挥重要作用,揭示了拟南芥根部微生物将色氨酸转化为植物激素吲哚乙酸从而延迟开花的代谢调控网络和作用机制。


 

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5.银纳米颗粒改变种植和未种植黄瓜土壤中的微生物群落组成和代谢物谱

 

英文标题:Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil

研究材料:黄瓜土壤

影响因子:7.864

发表期刊:Environmental Science & Technology

运用欧易/鹿明生物技术:16S rRNA基因测序、GC-MS非靶向代谢组(由鹿明生物提供技术支持)
 

随着纳米材料的产业化,各种形式的纳米材料将以不同途径进入人们的生活,纳米材料的生物安全性问题正受到世界各国科学家的广泛关注,本篇为2020年2月鹿明生物合作客户南京大学赵丽娟课题组在Environmental Science & Technology杂志发表题为“Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil”的研究论文。该研究运用16S rRNA基因测序、GC-MS非靶向代谢组技术对土壤微生物组和代谢组学分析技术的独特结合,提供了对AgNPs生态影响的全新视角,全面了解了AgNPs暴露对土壤微生物的影响。
 

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6.甲基双氯酚对水稻根际微生物群及反硝化作用的影响

 

英文标题:Interacting effect of diclofop-methyl on the rice rhizosphere microbiome and denitrification

研究材料:水稻根际土壤微生物

影响因子:2.751

发表期刊:Pesticide Biochemistry and Physiology

运用欧易/鹿明生物技术:GC-MS代谢组学(由鹿明生物提供技术支持)、16S rRNA基因测序
 

环境管理需要更好地了解植物生理和微生物等对地球化学循环的相互作用。本篇由欧易/鹿明合作客户浙江工业大学傅正伟教授团队发表于Pesticide Biochemistry and Physiology的题为“Interacting effect of diclofop-methyl on the rice rhizosphere microbiome and denitrification”的研究,该研究采用GC-MS非靶向代谢组学和16S rRNA基因测序研究水稻培养物中残留的DM浓度可能通过影响水稻根际微生物群落而影响氮素循环,该研究对农药与水稻微生物群与氮循环之间复杂的生物地球化学相互作用提供了新的见解。
 

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文章来源于鹿明生物

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