常见问题
Q1. 如何来判定哪些蛋白是和自己研究相关的蛋白,挑选什么样的蛋白来进行后期的验证实验?
需要研究人员根据自己研究的相关生物学背景,再结合生物信息学分析的结果,以及查看相关的文献资料来确认哪些蛋白可以用于后续深入的研究。后期的蛋白验证实验,一般情况下是根据客户的需要,结合课题本身,在所筛选到的差异的蛋白中,找到自己关注的蛋白。并且在挑选的时候尽量挑蛋白可信度高的、差异变化较明显的蛋白。PS:目前验证实验的成功率比较低,一般情况下能有50%的概率已经是非常好的结果。
Q2. 做蛋白鉴定时,检索时为什么同一个编号对应了很多蛋白质?
因为一个蛋白家族中常常含有多个同源性很高的蛋白质,这些蛋白质被酶切之后,很可能会产生很多相同的肽段,软件在进行定性分析时,就会将这些肽段均归于得分最高的那种蛋白质,其他同源蛋白不计分,并且这些同源蛋白都采用同一编号。
Q3. 蛋白质谱鉴定不成功一般有哪些因素?
质谱鉴定不成功主要可以分为两类,一类是质谱效果不好,一类是没有可参考的蛋白数据库,质谱效果不好的原因又可以细分为蛋白点太淡以至于蛋白含量过低(常见银染的点)、蛋白酶解及质谱操作失误等,要避免这些因素需要尽量取颜色深一些的蛋白点,并且取的蛋白点面积需要适当大一些,对于某些很小但