肿瘤与药物研究解决方案

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肿瘤的分子机制-蛋白质/修饰蛋白质组学

 

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结果展示


    

细胞增殖
1.png【1】

细胞凋亡
2.png【2】

迁移浸润
3.png【3】

【1】JAK-STAT信号与细胞因子和激素协同参与β细胞的调节

【2】细胞凋亡信号通路及促生存信号、免疫细胞和肿瘤微环境的相互作用

【3】上皮细胞向衰老细胞转变的分子信号




细胞周期
肿瘤与药物研究解决方案【4】

药物耐药
肿瘤与药物研究解决方案【5】

转录因子
肿瘤与药物研究解决方案【6】

【4】哺乳动物细胞周期图

【5】癌细胞的耐药机制

【6】正常细胞与癌细胞中转录因子选择性剪切




基因不稳定
7.png【7】

免疫逃逸
8.png【8】

配体受体互作
9.png【9】

【7】维持基因组稳定的DNA修复机制

【8】TME免疫细胞和癌细胞相互作用模型

【9】细胞因子受体互作通路




血管生成
10.png【10】




【10】内皮激活与肿瘤血管生成反应




 

肿瘤的分子机制-代谢物


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糖代谢

关键基因:GLUTs,SGLTs,HK2,PFK1,G6PD,PGD,UGDH,GCK

关键代谢物:D(+)-无水葡萄糖,D-半乳糖,D-果糖,蜜二糖,海藻糖,麦芽糖,乳糖,蔗糖等瓦博格效应,能量平衡,糖酵解[18]


氨基酸代谢

关键基因:SSP,SHMT1,GLUL,SLC25A13,SLC7A11,GOT2,GPT2,BCAT2

关键代谢物:酪氨酸,缬氨酸,苯丙氨酸,丝氨酸,谷氨酰胺,亮氨酸,天冬氨酸,脯氨酸,半胱氨酸,异亮氨酸,谷氨酸,苏氨酸,天冬酰胺,色氨酸,赖氨酸,甘氨酸,甲硫氨酸,丙氨酸,精氨酸,组氨酸等肿瘤生存,能量平衡、表观调控[19]


脂肪酸代谢

关键基因:LDLR,CD36,FADS1/2,PLA2,ATX,DGAT,HSL,ACSL,LPCAT,FASN,SCD

关键代谢物:乙酸,丙酸,丁酸,戊酸,己酸,异丁酸,异戊酸,愈伤酸,棕榈酸,γ-亚麻酸,亚油酸,油酸,硬脂酸,二十碳五烯酸,花生四烯酸,正癸酸,十一酸,月桂酸,十三烷酸,α-亚麻酸,棕榈油酸,十五烷酸,10-顺-十七碳烯酸,反油酸,11,14-二十碳二烯酸,十七酸,芥酸等生物膜构成,能量平衡[20]


胆固醇代谢

关键基因:LDLR,SQLE,HMGCR,SREBP2,ACAT1,Myc,MVK,FDFT1

关键代谢物:胆固醇,22β-羟基胆固醇,4β-羟基胆固醇,7-酮基胆固醇,7α-羟基胆固醇,7β-羟基胆固醇,7α-羟基-4-胆固醇-3-酮,雄酮,孕酮,去氧皮质酮,四氢皮质酮,前列腺素E2,醛固酮,脱氢表雄酮硫酸盐,24-羟基胆固醇,25-羟基胆固醇,27-羟基胆固醇等生物膜构成,肿瘤微环境,脂滴[21]


胆汁酸代谢

关键基因:CYP7A1, UGT,FXR,FGF19,BSEP,MRP2

关键代谢物:石胆酸,鹅去氧胆酸,去氧胆酸,熊去氧胆酸,胆酸,甘氨石胆酸,甘氨脱氧胆酸,甘氨鹅脱氧胆酸,甘氨熊脱氧胆酸,甘氨胆酸,牛磺石胆酸,牛磺熊去氧胆酸,牛磺脱氧胆酸,牛磺鹅脱氧胆酸,牛磺胆酸等

氧化应激,肠道菌群,表观调控【22】


核苷酸代谢

关键基因:PRPS,PPAT,PFAS,ADSS,CAD,UMPS,NME,DHODH,AK1

关键代谢物:肌苷,尿苷,腺苷,8羟基鸟苷,8-羟基-2'-脱氧鸟苷,黄嘌呤,次黄嘌呤,胞嘧啶等DNA复制,转录,能量平衡,信号传导[23]


代表性通路



糖代谢1.pngPDAC合成代谢途径中葡萄糖代谢[11]


氨基酸代谢2.png氨基酸代谢与氧化还原平衡的相互作用[12]


胆固醇代谢3.pngTME中胆固醇代谢的特征和关键驱动因素[13]



脂肪酸代谢1.png

癌细胞中的脂质代谢[14]



核苷酸代谢2.png

哺乳动物嘧啶和嘌呤核苷酸代谢[15]



胆固醇代谢3.png

PBC肠道微生物群与胆汁酸代谢的相互作用 [16]




 

肿瘤的分子分期/分型

 

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1.png

乳腺癌的分子分型[24]

2.png

肺癌的分子分期聚类热图[25]

3.png

胃癌分子分型/分期关键分子[26]


4.png

结直肠癌分子分型/分期关键分子[27]

5.png

肝癌分子分型[28]


6.png

前列腺癌分子分型热图[29]


7.png

甲状腺癌空间代谢物成像[30]




8.png

非小细胞肺癌代谢特征的散点图和皮尔逊相关性分析[31]

9.png

三阴性乳腺癌桑基图[32]




10.png

乙肝ROC分析[33]


11.png

结肠癌分子火山图[34]

12.png

肺癌蛋白互作图[35]


13.png

子宫内膜癌代谢通路气泡图[36]

14.png

癌症蛋白环状图[37]

15.png

脑癌小提琴图[38]



16.png

乳腺癌曼哈顿图 [39]

17.png

乳腺癌箱形图 [40]

18.png

肺腺癌皮尔森相似矩阵[41]






  

肿瘤的生物标记物

 

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图片1.png

食管鳞癌潜在生物标志物  空间成像[42]

图片2.png

黑色素瘤潜在生物标志物  生存曲线图[43]

图片3.png

淋巴瘤潜在生物标志物  火山图[44]


图片4.png

胰腺癌潜在生物标志物  聚类热图[45]

图片5.png

卵巢癌潜在生物标志物  ROC分析[46]

图片6.png

癌症潜在生物标志物  柱状图[47]


图片7.png

卵巢癌潜在生物标志物 饼状图[48]


图片8.png

卵巢癌潜在生物标志物 箱形图[49]

图片9.png髓母细胞瘤潜在生物标志物  箱形图[50]




  

蛋白组学

 

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离子通道

Amlodipine, diltiazem-Cav;Capsazepine-TRP;Astemizole-Kv;Ohmli-Kca;Ranolaz,Tetrodot-Nav[54]

G蛋白偶联受体

Cabergol(药)-DRD1(靶点,GPCR,Lanreoti-SSTR,Degarel-GnRH,Plerixa-CXCR4,vismodeg-SMO,Raloxif-ER,Sonideb-SMO,Mogamulizu-CCR4[55]

激酶

Crizotinib, Ceritinib, Alectinib, Brigatinib(药)-ALK(靶点,激酶);Bosutinib, Dasatinib, Imatinib, Nilotinib,

Ponatinib-Bcr-Abl;Vemurafenib, Dabrafenib-Braf, Ibrutinib-BTK;Palbociclib, Sorafenib, Ribociclib-CDK,Crizotinib, Cabozantinib-cMet;Gefitinib, Erlotinib, Lapatinib,Vandetanib, Afatinib, Osimertinib-EGFRs;Ruxolitinib, Tofacitinib-JAKs;Trametinib-MEK;Axitinib, Gefitinib, Imatinib, Lenvatinib,Nintedanib, Pazopanib, Regorafenib,Sorafenib, Sunitinib-PDGFR; Vandetanib-RET;Bosutinib, Dasatinib, Ponatinib,Vandetanib-Scr;Axitinib, Lenvatinib, Nintedanib,

Regorafenib, Pazopanib, Sorafenib,Sunitinib-VEGFR[56][57]

核受体

Tamoxifen,Toremifene,Raloxifene(药)-ER(靶点,GPCR;Flutamide,Bicalutamide-AR;Tretinoin-RAR;Bexarotene-RAX[58]

代谢物

Asparaginase(药)-Asparagine(靶点,门冬酰胺)[59]

其他类型

Epigenetic enzyme,Ribonucleotide diphosphate reductase,Polymerase,Growth factor, Cytokine,E3 ligase[60]




  

肿瘤药效评价

 

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定量蛋白质组学(Quantitative Proteomics)是蛋白质组学研究领域最重要的应用之一。通过定量蛋白质组学技术,可以对样本中表达的全部蛋白质进行鉴定和定量,筛选样本或分组之间差异表达蛋白质,结合生物信息分析预测差异蛋白质功能,解析生理病理机制。基于质谱检测技术的定量蛋白质组学技术根据是否加标记可以分为两大类:非标定量技术,包括Label-free和DIA,标记定量技术,包括TMT和iTRAQ。


1.png

药物及代谢物整鼠空间成像[61]

2.png

关键蛋白互作网络图[62]


3.png

药物毒性空间成像[63]

4.png


药物毒性研究-代谢通路分析[64]








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