代谢组(metabolome)是指某个时间点上一细胞所有代谢物的集合，尤其指在不同代谢过程中充当底物和产的小分子物质，如脂质， 糖， 氨基酸等， 可以揭示取样时该细胞的生理状态，人类有上万亿个不同类型的细胞， 它们具有潜在不同的组织细胞代谢组。基因和蛋白质是为细胞发生活动做准备， 而活动中大部分实际上是发生在代谢物上，像信号转导、能量转移、细胞间通信都受代谢物调控。代谢物行为更为密切地反映出细胞所处的环境， 该环境依赖于细胞所摄取的营养状况，所接触的药物和污染物以及其他影响细胞健康的外在因子情况。